一、开机前务必将超声探头（超声波变幅杆）插入样品，切忌空载。
二、超声波变幅杆（超声探头）入水深度应在1.5cm左右，液面高度最好有30mm以上，探头应居中放置，不可贴壁。超声波是垂直纵波，插入太深不容易形成对流，影响破碎效率。
三、超声参数设置
应按说明书要求设置超声波细胞破碎仪工作参数，比较敏感的样品（比如细菌）一般外面采用冰浴，实际温度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不会变性。
1）工作时间
超声持续工作时间每次不宜超过5秒，工作间隙时间应大于或等于超声时间，以便于热量散发。时间设定应以超声时间短，超声次数多原则，可延长超声波细胞破碎仪以及超声探头的寿命。
2）超声功率
不宜太大，以免样品飞溅或起泡沫，如小于10ml样品容量，功率应在200w以内,选用2mm超声探头，另将面板后面的变幅杆选择开关打到相应挡；10-200ml样品容量的功率在200－400w，选用6mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；200ml以上的样品容量功率在300-600w之间，选用10mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；（2MM的小探头功率严禁超过350W）
3）容器选择
应根据样品量选择容器，不宜选择过大的烧杯，如20ml的样品宜选用20ml的烧杯。这样可有利于样品在超声中对流，提高超声波破碎效率。
四、若实验中选用1.5ml的EP管盛放样品，务必将EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降导致空载。
五、以上为超声波细胞破碎仪操作时注意事项，在超声细胞破碎仪工作完毕后，也应注意将进行清洗保养，可用酒精擦洗探头或用清水进行清洗。
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